В 9 сезоне сериала «Секретные материалы» происходит множество фантастических событий, связанных с вторжением на планету Земля представителей внеземных цивилизаций. После недавно минувших событий агент Фокс Малдер вынужден пуститься в бега - тким образом, он не появляется рядом с Салли только в тот момент, когда она принимается за самое серьезное расследование. Тем временем Скалли продолжает работать вместе со своим новым напарником Доггеттом. Выясняется, что приятельница Доггетта обладает сверхъестественными способностями, которые порой заставляют ее творить необъяснимые вещи.