В 3 сезоне сериала «Кости» главные герои все так же продолжают заниматься самыми сложными и нестандартными делами, в которых не так просто идентифицировать личность жертвы и выйти на след преступника. У Бреннан и Бута есть взаимные чувства друг к другу, однако их нерешительность не позволяет им перейти установленные границы. Тем временем счастливому будущему Энджелы и Ходжинса угрожает предыдущий брак невесты. Паре предстоит нанять детектива, чтобы разобраться с сомнительным прошлым девушки.