Во 2 сезоне сериала «Морская полиция: Спецотдел» Тимоти Макги переходит на полный рабочий день. Жизнь Энтони ДиНоззо подверглась опасности, он чуть не скончался, заразившись легочной чумой. Все началось с загадочного конверта со следами губной помады, который пришел в офис. В конце концов команда в полном составе оказалась заперта в морге на карантин. Шантажист застал врасплох Майка Уотсона прямо в его офисе в Пентагоне. На работу к Гиббсу пришел пожилой человек, который назвал себя Эрни Йост. Он показал спецагенту медаль Славы и оружие, после чего сообщил, что лишил жизни человека. В конце сезона в Кейтлин Тодд выстрелил Ари Хасвари.